和傳統的護照相比，電子護照在封底增加了一塊“射頻識別芯片”（RFID），這種芯片當中存儲有與護照頁中一樣的信息，其中包括護照所有人的的臉部數碼相片，姓名，出生地，出生日期，性別，護照號碼，護照頒發的時間以及截止日期等等。

識別芯片可用一個識別器在4 英寸的距離范圍內進行讀取。電子護照可以自動識別人的身份，縮短進入海關的檢查時間，打擊假護照，從而更好的保證邊境安全。美國國會已經要求所有與美國有免簽證協議的國家必須發行電子護照。

美國將依據安全旅行的國際標準發行電子護照。其它有關國家必須發行含有持照人的生物信息（比如相片，指紋和虹膜掃描等信息）的電子護照。

據悉，在有電子護照識別器的美國機場，海關，或者邊境入口會提供電子護照標識。電子護照中的信息無法被更改，如果需更改，護照所有人只能申請新的護照。傳統護照仍可繼續在美國使用。

一些批評家對射頻識別芯片技術的安全性表示擔憂。

許多公司的職員現在已經無線識別芯片技術通過公司的安全入口，可以肯定的是，恐怖分子，不壞好意的人能夠竊取持照人的信息。CIS首席技術官Bruce Schneier表示，無線識別芯片技術的護照不被駭客侵犯的可能性為零。

但是，美國國務院認為，一些人對此過度憂慮了。他們表示，技術人員已經在電子護照上加入了密碼鎖，另外，電子護照還具有信息加密及芯片屏蔽等保護措施。

美國護照管理部門的一位官員Frank Moss說：“如果這樣的護照還不安全的話，我們耶不會發行電子護照了。”據悉，電子護照已經發給了美國國務院的核心人員使用。

但安全問題依然存在。今年5 月，特拉維夫大學的研究人員就用不到110 美元的電子器件制造出了芯片略讀器（skimmer ），該裝置可以放進文件箱，旅行箱或衣服中。

另外，特殊的天線可以將芯片讀取的范圍從幾英寸增加到幾英尺。2005年，劍橋一位研究人員研制出的一種“非無接觸式智能卡”（contactless smart card）就可以將讀取范圍擴展到160 英尺以內。

盡管電子護照封面上具有防略讀功能，但身份小偷們還是有可能在人群擁擠的機場，飯店大廳蒙騙識別器。