萬方數據堅持不懈地提升自身技術研發水平，技術創新層出不窮，也推進了中國信息服務業的技術進步。  

　　2000年11月，萬方數據率先推出資源鏡像系統，標志著我國信息服務技術進入了由磁盤/光盤復制向鏡像鏈接轉變的新時代。2002年，中國第一個學位論文全文數據庫面市，該庫整合了萬方數據的全文加工處理技術，信息數據服務實現了全文檢索。2004年，萬方數據的主站及鏡像系統利用自主版權的RMS系統升級后通過CALIS等大鏡像用戶的壓力測試，綜合性能得到全面提高，推進了國內信息服務行業自主知識產權核心軟件的研發工作。2006年，萬方數據聯合中國科技信息研究所、中科院地理所等頂級國家科學及信息機構在北京召開“首屆科技信息資源共享促進國際研討會”(Coinfo)。此后，每年一屆的Coinfo會議成為我國籌辦的科技信息資源領域重要高端國際會議之一。2006年，萬方數據應邀參加了在英國舉行的DOI(Digital Object Identifier，)年會，并于2007年成為DOI（數字對象唯一標識符，是國際出版、圖書館等行業公認的唯一標識符事實標準,不僅能夠永久、唯一地標識信息資源,而且能夠在互聯網環境下動態定位資源,被譽為“互聯網上的條形碼”。）唯一中文代理注冊機構。目前,中文DOI注冊數量已超過112萬,在國際DOI基金會(IDF)全球的8家注冊機構中位列第二。 

　　2009年7月9日,由萬方數據研發的中文數字對象標識注冊與服務系統(簡稱“中文DOI系統”)在第三屆中國數字出版博覽會獲得創新技術獎。 

　　此外，萬方數據擁有先后獲得國家重點新產品證書的IMS Web信息服務支持系統、I-kown智能知識服務系統V1.0等核心軟件和《萬方數據中華醫學會數字化期刊系統V1.0》等20個獲得軟件產品登記證書的具有自主知識產權的軟件產品。 

　　為了承擔起中國信息服務產業科技攻堅的重任，萬方數據于2007年成立了技術研究院，專注于DOI系統的研發與推廣，企業創新服務系統研究，數字復合出版關鍵技術研究，戰略與政策研究和萬方數據知識服務平臺框架等方面的研究。2007年，萬方數據先后與北京大學、南京大學、南京理工大學、武漢大學等6所高校合作創辦聯合實驗室，開國內信息資源學科校企科研合作之先河，有力地推動了產學研的互促互動。