海峽交流基金會最新一期「兩岸經貿」雜志報導，財政部曾對廣大臺商進行問卷調查，并與臺商會長、臺商代表及進出口業者座談。據臺商填答的問卷及參加座談者的意見，都贊成兩岸加強合作。

　　報導指出，許多臺商認為，大陸海關在貨物關稅估價方面，常有未依申報的實在價格估價情形，且常出現稅則分類作法不一，都造成臺商權益受損，因此希望兩岸海關合作協議簽署后，有效協助解決臺商進口貨品關稅估價及稅則分類等通關問題。

　　另有參與座談會的臺商指出，臺灣海關多年來持續改善與進步，目前運作方式及制度優良，建議兩岸海關加強交流，「讓大陸地區海關有機會向臺灣地區海關學習」。

　　海關協議簽署后，雙方海關將建立溝通平臺，藉由聯絡熱線的設置，可適時、直接又快速的協助廠商處理關稅估價、稅則分類及原產地認定等通關問題，避免浪費廠商的人力與時間。

　　便捷貨物通關部分，則有助于降低營運成本；雙方將共同就推動安全認證優質企業（AEO）相互承認、應用無線射頻識別技術（RFID）在跨境貨柜監管及建立電子信息交換系統等方面，進行專業技術合作，節省廠商通關成本，進而提高產品市場競爭力。