1996年，包起帆把目標瞄準了小件雜貨的集裝箱化和散貨的專業化革新，建立內貿集裝箱運輸模式，在交通部和港航單位的支持下，1996年12月15日，中國水運史上第一條內貿標準集裝箱航線在上海龍吳碼頭開通。

　　進入新世紀，包起帆憑著對國際港口業整體發展趨勢的敏銳把握，果斷把攻關的矛頭對準了世界集裝箱碼頭研究的最前端——集裝箱自動化堆場上，把研究的重點放在了如何實現碼頭操控“無人化”上。包起帆的團隊一次又一次召集團隊研究試驗，認真探究著方案的優化改進，最終攻下了這道世界難題：集裝箱自動化堆場及堆場裝卸工藝。這項工藝使現場無人指揮，吊車無人駕駛，集卡不用逗留，叉車不再出現，所有的指令都從兩公里以外的控制中心發出，一切都顯得有序、從容。巴黎發明展覽會上，這項成果以其先進的設計理念、過硬的技術系統、扎實的試驗數據，獲得了25位權威評委的一致贊賞，無可爭議地贏得了金獎。

　　包起帆在巴黎國際發明展上還獲得了三個金獎——“集裝箱電子標簽系統”“用于集裝箱的電子標簽和電子封條的連接方法”“用于集裝箱作業的安全裝置”，同樣瞄準了國際最前沿。前兩個創新成果，一舉實現了集裝箱運輸全過程的實時監控和信息傳遞，巴黎發明展覽會評委主席贊嘆道“這將是一場改變人們運輸方式的革命”。第三項發明則攻克了集裝箱作業安全領域內困擾人們許久的一個重大現實問題。包起帆一人獲得四項金牌，打破了展會的歷史紀錄。

　　黨的十八大以后，黨中央國務院大力倡導工匠精神。包起帆在接受媒體采訪時表示，工匠精神體現的是生產者在技藝和工藝流程上的精益求精，將產品打造成精致的藝術品的精神，同時也是不斷將新技術融入產品中，形成的一種持續創新的精神。無論是好的產品還是好的服務，不是說出來的，一定是做出來的。現在國家倡導工匠精神，這就更需要我們去落實，在社會上要形成重視工匠、尊重工匠的好的風氣。